Possuem três folhetos embrionários (são triblásticos) e, como inovação em relação aos platelmintos, um tubo digestório completo, com boca e ânus. Sua digestão é predominantemente extracelular. O tubo digestório completo trouxe vantagens para a digestão. Como o alimento não retorna pela porta de entrada, o animal não espera que os resíduos sejam eliminados para ingerir outra porção.
O sistema nervoso dos nematódeos é formado por um anel nervoso ao redor da faringe e por dois cordões longitudinais.
O sistema de excreção tem dois canais longitudinais, que se unem em um poro único, posterior à boca.
Os nematódeos geralmente são dióicos. Os espermatozóides, que não têm flagelos, deslocam-se por movimentos amebóides, e a fecundação é interna.
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